콘택트렌즈의 장시간 착용으로 인해 생기는 산소결핍이나 신진대사의 결함은 안과적인 질환을 초래할 수 있다. 이것을 구체적으로 보면 다음의 여덟 가지로 나누어진다. 거대유두결막염(giant papillary conjunctivtis) 소프트렌즈 착용자에게서 많이 나타나나, 하드렌즈와 의안을 착용하는 사람에게서도 나타날 수 있다. 거대유두결막염의 원인은 확실하지 않지만 복합적 요소에 의해 발생한다고 생각된다. 그 증상으로 콘택트렌즈가 상안검 위쪽으로 올라가며 충혈이나 염증,안분비물,희미한 시력,눈물,광선,현기증 등이 나타나기도 한다. 각막상피외상(corneal epithelium trauma) 각막상피외상은 콘택트렌즈를 잘못 착용했을 때 발생한다. 특히 콘택트렌즈를 뒤집어 착용했거나, 착용된 콘택트렌즈가 심하게 움직이면 각막상피층에 외상이 생기게 된다. 만약 계속적으로 각막에 상처를 주게 되면 보우만막에까지 상처를 입힐 수 있다. 따라서, 그 상처는 없어지지 않으므로 주의해야 한다. 각막부종(corneal edema) 각막부종은 산소결핍이 원인이 되어 발생한다. 콘택트렌즈가 너무 단단하게 착용되었거나, 장시간 콘택트렌즈를 착용해서 오는 경우가 대부분이다. 이 병의 증상으로는 각막 커브가 변하고, 각막의 굴절력이 약해지며 시력이 침침해진다. 그리고 빛을 보게 되면 빛 주위에 테두리 같은 섬광이 보이게 되고, 콘택트렌즈 대신 안경을 착용해도 빛 주위에 테두리 같은 섬광현상이 없어지지 않는다. 각막신생혈관(corneal neovascularization) 각막신생혈관이 심한 경우에는 외상이나 산소결핍증, 감각과민증의 원인이 된다. 일반적으로 각막과 결막의 경계선상(각막윤부)에서 잘 나타난다. 심한 신생혈관은 시력에 장애를 줄 수도 있다. 접촉성 각결막염(contact keratoconjunctivitis) 보존액,클리너(세척액),생리식염수,단백질 제거제 효소, 즉 클로드핵시딘이나 티메로살 등의 화학적인 물질은 렌즈 조직 내에서 결합반응을 일으킬 수 있으며, 이러한 결합반응은 콘택트렌즈에 대한 과민반응을 일으키는 원인이 될 수도 있다. 이에 대한 증상으로 각막(홍채)에 충혈과 염증이 발생한다. 안건조증(xerophthalmia) 렌즈 속으로 흡수된 화학약품이 축적되는 악순환은 건조 증상을 유발한다. 이런 경우에는 감각과민증이 나타나는 것이 일반적이며, 감각과민증이 이미 형성되어 있으면 소프트렌즈는 착용할 수 없다. 이에 따른 증상으로 각결막염을 유발할 수 있다. 급성 폐쇄증 급성 폐쇄증은 하드렌즈를 연속 착용할 경우, 실명에 이르게 되는 주된 원인이 되기도 한다. 이 병의 증상은 극심한 통증과 충혈을 유발한다. 세균,녹농균,바이러스, 진균 등에 의한 감염 콘택트렌즈 착용으로 인해 발생하는 부작용 중 가장 심각한 것이 아칸타메바 각막염(acanthameoba keratitis), 결막충혈 및 중심부 각막궤양이며, 이로 인해 실명을 유발할 수도 있으니 각별히 유의해야 한다.